荧光显微镜在各领域中的应用都非常广泛，在植物细胞的观察研究中，通过染色可以更清晰地观测到细胞的形态及结构。在实验汇总发现，荧光显微镜还可以直接（不做任何处理）观察植物叶的气孔器，而且能观察到气孔的变化情况，为荧光显微镜找到了一种新用途。
荧光显微镜是利用特定波长的光照射被检测物体长生荧光进行镜检的显微光学观测仪器。
1. 荧光显微镜在各领域的应用
（1） 荧光显微镜的应用包括一般荧光染色和免疫荧光染色方法，荧光染色方法可以显示细胞内的各种成分，特别是对细胞内的两种核酸（DNA或RNA）及酸性粘多糖有较强的特异性和荧光方法的敏感性，作为一种良好的细菌化学方法。免疫荧光方法是把免疫学的特异性和荧光方法的敏感性，作为一种研究方法或实验手段，广泛地应用于医学领域内各种基础理论研究和临床诊断，如组织细胞学，微生物学，寄生虫学，病理学的研究以及自身免疫病诊断。20世纪30年代荧光染色即已用于细菌、霉菌等微生物及细胞、纤维等的形态观察和研究。40年代创造了荧光燃料标记蛋白质的技术，这种技术现已广泛应用于免疫荧光抗体染色的常规技术中，可检查和定位病毒、细菌、霉菌、原虫、寄生虫及动物和人的组织抗原与抗体，可用以探讨病因及发病机理，如肾小球疾病的分类及诊断等。
（2） 荧光显微镜在植物研究中的应用也非常广泛。利用某些物质在短光波照射下即可发生荧光的特性，对植物细胞用荧光显微镜进行观察研究。如细胞内大部分脂质和蛋白质经照射均可发出淡蓝色荧光，而叶绿体发出火红色荧光。但大部分物质仍需要用荧光燃料（如吖啶橙、异硫氰酸荧光素等）染色后，在短光波照射下才能发出荧光。如线粒体、微管等细胞器，在普通光学显微镜下很难观测到，而通过染色及荧光标记后，就能够很清晰的进行观测研究。现在在植物细胞凋亡机理的研究中对线粒体进行染色后，用荧光显微镜能够很清晰地观察到活细胞核呈黄绿色浓聚在核膜内侧，可见细胞膜呈泡状膨出及凋亡小体。利用荧光标记技术显示微管，可以在多种植物生殖细胞内清楚地看到微管骨架的存在。
2. 植物观察中的新用途
在荧光显微镜的管理和使用中发现。用荧光显微镜可以直接观察植物叶表皮的气孔。为荧光显微镜找到了一种新的用途。具体方法如下：
（1） 打开电源开关，与此同事，电源指示绿灯点亮，点燃2~3min后，光线将稳定。
（2） 灯位调中，落射式荧光显微镜在物镜转换器上装上定心屏调节灯位中心。
a. 打通光路，将光路中挡光板放在光完全通过的位置。
b. 视场光阑“F”和孔径光阑“A”旋到最大位置。
c. 将物镜旋出光路；并从物镜转换器上拆一个防尘帽盖，装上定心屏，就在定心屏上出现弧形图角或其他图像。
d. 用调焦柄（在灯室前）对弧形进行调节，使其达最清楚，并通过灯泡调中螺丝对弧形调中。
（3） 荧光观察：为防止紫外线进入人的眼睛，在镜检中必须使用UV遮光罩。使用遮光板遮挡可见光。
3. 结论
在紫外光激发下，叶绿体发出火红色荧光，气孔发绿色荧光，保卫细胞呈黄色或黄绿色，且形状大小非常清晰，两保卫细胞内的火红色叶绿体则环绕气孔排成一圈。表皮细胞内的叶绿体数量要比叶肉细胞少，所以在荧光显微镜下看不到表皮细胞。通过大量试验证明，单子叶，双子叶，裸子植物大都适用于这种方法而且效果较好。
荧光显微镜的这一用途，在观察植物叶片气孔的形态、密度、开闭程度等方面，操作方法简单，即节省时间又节约经费，且观察效果好。